澎湖目前有文澳及媽宮二座城隍廟，在台灣地區來說是很特殊的。媽宮城隍廟為閤澎公廟（官方倡建的官祀廟宇），尤以每年農曆7月普渡時需由城隍廟開始，其餘各地接續著舉行，所以俗諺有：「城隍廟放，觀音亭收」之說。
乾隆44年（1779），澎湖海防糧捕廳判謝維祺因位於廳署旁的文澳城隍廟規模狹隘，非敬神之道，乃率監生郭志達新建城隍廟於媽宮今址，有碑記尚存。
光緒11年（1885）清法戰爭波及澎湖。2月法軍犯澎，城隍廟傳出神明顯靈庇佑澎湖人民、兵勇之神蹟，事後城隍廟與天后宮獲皇帝賜匾尊崇，更加封城隍為「靈應侯」，格同府城城隍。
光緒15年（1889）清廷將澎湖廳署移至甫完工的媽宮城內，媽宮城隍廟轉成為正式的官衙所在的城隍廟。城隍廟立址於媽宮總鎮署東畔塵肆之中，香火鼎盛，除了做為官方祭祀廟宇之外，亦收教化民心之功效。
日治時期以昭和8年（1933）之改建規模最大，不僅抬高屋架堂皇廟構，內外雕繪亦頗可觀。
1982年、1999年及2022年再次修護，工程完竣即今日所見廟貌。
廟內主祀城隍爺，副祀文武判官、四神將（四大吏）、虎爺，臨水夫人及註生娘娘，並在內埕東西廂房設有「註祿司、陰陽司、褒善司、註壽司、速報司、罰惡司」六司官、七爺、八爺、文武班頭爺等神明。
光緒年間法軍侵澎，居民北走頂山（白沙島）避難，途中卻遭遇法軍炮火襲擊，人民無奈只能默禱城隍爺保佑，當下果然落了一場大雨，導致法軍的炮彈不能爆炸，眾人也因此逃過一劫。清法戰爭議和後，清廷有感城隍廟的神蹟，加封號為「靈應侯」，有「敕封靈應侯」匾一方，掛于中庭廟內正中。後殿正中有光緒御賜之「功存捍衛」匾額。城隍廟廟內聯柱很多，大殿神龕木聯為「當日肆無忌，滅理壞倫，君自幹去；今朝悔已遲，披枷帶鎖，爾自惹來」；又三川殿步口楹聯「將入廟來，當防失足；要歸家去，須早回頭」等。前落進門處懸有「你來了」、「悔者遲」二匾及上有二珠，下有五珠的11桁「大算盤」，皆寓深義，具警世作用。
在正殿左壁有乾隆44年（1779）的「澎湖改建城隍廟碑記」及光緒12年（1886）「重修城隍廟碑記」等石碑，由於年代已久，並經香火煙燻，字跡不甚清楚，也經廟方重新整理，描字後清晰可見，更能突顯城隍廟悠久的年代。
農曆6月初6日晚至7日清晨來媽宮城隍廟的「補運」，更是一大特色。眾信徒以甜糯米飯一大碗，其上依家中人口數放置不剝殼染紅色的熟雞蛋，並圍以「補命錢」祈求城隍爺庇祐，祭拜完畢將蛋殼剝掉，意謂脫去壞運換上好運，並在蛋上灑些香灰，回家一路上不得與人言談，回家後全家老小可食用剝殼後的雞蛋，可保一年平安無事逢凶化吉。
媽宮城隍廟也有分靈到七美去。大正8年（1919）媽宮方府城隍赴八罩島（今望安鄉）視察，大嶼（今七美鄉）善信專程至八罩恭請方府城隍順道來大嶼巡視。途中發現大嶼陰氣太重治安欠佳，遂上奏玉帝敕令龔府城隍長駐整頓。龔府城隍到鄉之初皆以扶鸞降示，大正10年（1921）始採用乩童之舉，大正12年（1923）開始整頓，指示不宜有以甕作頂，塔高11層之石塔，宜減少2層及多次遶境巡視，終使善信免過恐懼生活。歷經90年之久，七美城隍廟（森法殿）於民國97年（2008）農曆4月27日偕同七美鄉各寺廟回馬公城隍廟謁祖，完成信眾多年心願。 

資料來源：2021澎湖縣文化資產手冊、澎湖縣政府新聞稿