1908年，做為日本海軍訓練艦的「松島」號防護巡洋艦，在結束遠洋航行停泊於馬公港時，於深夜發生彈藥庫爆炸而沉沒造成嚴重傷亡。為紀念這起事故，在當時馬公市區東側（今民福路以西、仁愛路以北）海岸邊設立松島紀念公園，並陸續興建松島紀念館與供皇族政要休憩的「貴賓館」。

1937年因應發展需求，松島紀念公園旁開始填海築港（即今日之馬公第一漁港），而貴賓館則計畫遷至市區北側鬼仔山新發展的政經文教區一帶。昭和18年（1943年）新貴賓館竣工落成，但時值太平洋戰爭，直至日本統治結束前皆無皇族政要成員下榻。

1949年5月17日，已下野的蔣中正總統首度飛抵澎湖馬公並下榻貴賓館；直到時任臺灣省政府主席的陳誠先生安排妥當後，乃於5月26日自馬公飛抵高雄岡山。貴賓館自此亦成為「蔣公行館」，並改名為「第一賓館」。1956年改為總統專屬行館，並增改建西式起居空間，同時於第一賓館南側構建一座地下戰時指揮所及密道。1958年金門發生八二三砲戰時，蔣中正總統進駐第一賓館成立戰時指揮所。是蔣中正總統眾多行館中，唯一具有戰略設施且參與實際戰爭任務的行館，而後第一賓館也是蔣經國、李登輝等歷任總統於澎湖的下榻居所。

1992年澎湖防衛司令部司令官宋川強中將，有感於第一賓館已完成歷史階段性任務，逐步開放供縣民參觀，至2000年軍方將第一賓館管理事務移交縣政府。同時間縣政府將第一賓館四周庭園景觀重新整修，與觀音亭畔互映，同為西瀛勝境。

資料來源：第一賓館官方網站、文化部澎湖縣媽宮舊城區再造歷史現場計畫、媽宮（1604-1945）：一個臺灣傳統城鎮空間現代化變遷之研究 （資料來源：國家圖書館 臺灣記憶 https://tm.ncl.edu.tw/）