澎湖天后宮設立極早，在文獻可考的最早年代是明萬曆32年（1604年）。該年荷蘭東印度公司司令官韋麻郎（Wybrand van Warwijck）進攻澳門失利後，率船隊抵達澎湖，並派員往福建請求貿易。明政府因官方海禁政策而派員回絕不成，乃調遣都司沈有容率兵船五十艘前往澎湖談判，要求荷蘭人撤退。韋麻郎見求通商無望，又缺乏補給，於是在當年底離開澎湖。董應舉在天啟年間寫給福建巡撫南居益的信中提到此事：「彭湖港形如葫蘆，上有天妃宮，此沈將軍有容折韋麻郎處也。」（此處的彭湖為原文，澎湖的古稱之一；天妃宮則為澎湖天后宮），而後經考證之談判地點應於天后宮附近岸邊之荷蘭軍艦上，但天后宮確為明中葉以後有關文獻常記載之澎湖地標。大正8年（1919年）天后宮整修時，發掘出「沈有容諭退紅毛番韋麻郎等」石碑，現存於後殿清風閣虎邊（西側），為台灣現存最早的石碑，列為國寶級文物。
天后宮建築於清代時官方多次斥資重修，而現存格局大致為大正12年（1923年）由大木匠師藍木主持重修後之樣貌，當時內部的木雕及彩繪匠師皆為一時之選，1983年、2014年、2024年都有再次整修。
目前天后宮內主祀金面媽祖，另有千里眼、順風耳、註生娘娘、送子觀音、孔子、虎爺將軍、積慶公夫婦等神明為陪祀。被視為藝術寶庫的澎湖天后宮，無論是建築本身或是藝術水準高超的擂金畫、石雕、木雕、鑿花與彩繪，均出自名家之手，並充分展現我國民間藝術的高度成就。
【建議停留時間】 1小時

資料來源: 澎湖Travel、開臺澎湖天后宮志、台史博線上博物館、沈有容諭退韋麻郎及立碑地點在澎湖天后宮之商榷、台灣宗教百景