澎湖天后宮の建立は非常に古く、文献で確認できる最も古い年代は明代の万暦32年（1604年）です。その年、オランダ東インド会社の司令官であるウェイブラント・ファン・ワールウェイク（Wybrand van Warwijck）によるマカオ進攻が失敗に終わり、船隊を率い澎湖に到着すると、福建に人を派遣して貿易を要請しました。明政府は海禁政策により、これを拒否しましたが失敗に終わりました。そこで、説得のために50隻の船とともに都司の沈有容を澎湖に派遣し、オランダ人に撤退を求めました。貿易の望みがなく、物資の不足も認められることから、その年の年末にウェイブラントは澎湖を離れました。董応挙は天啓時代に福建巡撫の南居益に宛てた手紙の中で、「瓢箪のような形をした彭湖港の上方にある天妃宮は、沈将軍がウェイブラントを説得した場所である」と記しています。（原文に登場するこの彭湖は、澎湖の旧称の一つです。また、天妃宮とは澎湖天后宮のことです）。その後の考証により、説得場所は天后宮近くの海岸にあるオランダ軍艦であることが判明しましたが、天后宮は明代中期以降の関連文献によく登場する澎湖のランドマークでした。大正8年（1919年）に天后宮を改修した際、「沈有容諭退紅毛番韋麻郎等」と刻まれた石碑が発掘されました。現在は後殿清風閣虎側（西側）に保存されており、台湾に現存する石碑の中で最も古く、国宝級文物に指定されています。天后宮の建物は清朝政府の拠出により幾度も改修されました。現在の造りは、大正12年（1923年）に木工職人の藍木氏の指揮により改修された後の姿とほぼ変わらず、内部の木彫や色絵に関わる者はいずれも一流の職人でした。また、1983年、2014年、2024年にも改修が行われました。
現在、天后宮で主祭神として祀られているのは金面媽祖です。その他にも、千里眼、順風耳、註生娘娘、送子観音、孔子、虎爺将軍、積慶公夫婦などの神明が配祀されています。澎湖天后宮は芸術の宝庫とみなされています。建物だけでなく、芸術的水準が高い擂金画、石彫、木彫、鑿花、色絵は、いずれも一流の作品であり、我が国の民間芸術の高さを十分に示しています。
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